台灣中醫臨床醫學會為鼓勵優秀著作，獎掖各界專家投入研究，以利中醫藥發展，特設「傑出研究獎」，每年頒發傑出臨床著作或傑出醫史著作，並有獎狀及獎金。本獎項迄今得獎名單如下：

• 2021傑出醫史研究獎：真柳誠著、郭秀梅譯『黄帝醫籍研究』
• 2022傑出臨床研究獎：李家雄 『圖解中醫學系列』（臺北：五南。2021）
• 2023傑出醫史研究獎：皮國立 『全球大流感在近代中國的真相』（臺北：時報。2022）